組合式空調機組與很多大型設備一樣，購買完成后，其使用壽命與該設備的后期維護清潔，正確操作使用設備的要求一樣，需要使用人員及時清除灰塵，清潔設備的污垢。這樣才能保證設備正常運行，達到使用設備年限的大化。
組合空調機組功能段的設置要根據生產工藝或潔凈室要求確定，這是基本原則。組合式空調機組功能段的合并及取舍要與空調房的設計緊密結合起來。
必須對凈化機組中的微生物污染點進行控制。由于結構、溫濕度較適宜細菌等微生物的滋長，凈化機組的箱體、過濾器、消聲器、加濕器等成了潛在的微生物污染點，必須對其進行控制。如機組箱體應無破損、無銹蝕、耐消毒、保溫及密封性能好，可使用如在冰箱上已廣泛應用的抗菌材料；過濾器性能指標符合要求；消聲器、加濕器等不滯留可凝物；機組內經常清洗或消毒。
